Jira hat verschiedene Aufgabenbereiche und kann somit flexibel eingesetzt werden. Besonders häufig wird das Webtool im Bereich Softwareentwicklung genutzt, wobei auch ein Einsatz in nicht technischen Bereichen hilfreich sein kann. Jira fungiert dabei als Übersicht und Planungsstellegleichzeitig und hilft so, den Workflow innerhalb eines Teams zu optimieren. Die Software richtet sich dabei an Administratoren und Nutzer gleichermaßen. Aufgaben werden hier verteilt, Zwischenstände geteilt und mögliche Fehlerquellen schnell identifiziert und behoben. Zu diesem Zweck werden Tickets für einzelne Aufgaben erstellt, zugewiesen und dann abgearbeitet.
Insbesondere für die Projektmanagement-Methoden Scrum und Kanban eignet sich Jira sehr gut. Kleine, mittlere und selbst sehr umfangreiche Projekte können mit der Software effektiver umgesetzt werden. Auch eine detaillierte Berichtsfunktion sorgt erstens für die notwendige Dokumentation eines Projekts und ermöglicht zweitens neuen Mitarbeitern den schnellen und problemlosen Einstieg in ein bestehendes Team. Zusätzlich zum Kernprodukt stehen für Jira zahlreiche Pluginsundweitere Softwarelösungen der Firma Atlassian zur Verfügung, die schnell und einfach integriert werden können, um den Workflow für einen oder mehrere Aufträge individuell anzupassen und so zu optimieren.