Die Nutzung von XaaS kann auch Nachteile mit sich bringen, die insbesondere im Bereich Sicherheit und Datenschutz liegen. Daten werden für die Nutzung von XaaS-Lösungen an Drittunternehmen weitergegeben, was die Sicherheit dieser Daten beeinträchtigen kann. Außerdem sind die XaaS-Unternehmen oftmals nicht innerhalb der Europäischen Union ansässig, sodass sie nicht den hier gültigen Datenschutzrichtlinien der DSGVO unterliegen. Das macht eine genaue Prüfung der in Frage kommenden Service-Dienstleister notwendig. Auch die Wahrscheinlichkeit von Hackingangriffen steigt, wenn mit weiteren Unternehmen zusammengearbeitet wird, da die sensiblen Daten dann nicht nur von einem, sondern von mehreren Unternehmen verarbeitet werden.
Ein weiterer Nachteil bei der Nutzung von XaaS-Lösungen ist die Gefahr von Ausfällen des jeweiligen Services. In solchen Fällen muss die Kundschaft sich auf das Anything-as-a-Service-Unternehmen verlassen und kann nicht selbst daran arbeiten, das Problem zu beheben.
Auch versteckte Kosten könnten auf Nutzende von XaaS-Diensten zukommen. Um dies zu vermeiden, ist es wichtig, die Verträge, die mit den XaaS-Unternehmen geschlossen werden, auf solche Kostenfallen hin zu überprüfen.